WEBVTT
Kind: captions
Language: es

00:00:00.520 --> 00:00:05.370
Soy Wai-Yim Ching de la Universidad de Missouri-Kansas
City, y soy un teórico, un teórico computacional,

00:00:05.370 --> 00:00:07.950
y así mi resultado sería muy condensado.

00:00:07.950 --> 00:00:11.760
Creo que si alguien está interesado, envíame
un correo electrónico.

00:00:11.760 --> 00:00:13.840
Responderé a todas sus preguntas.

00:00:13.840 --> 00:00:20.690
Tenemos un equipo muy pequeño que consiste
en el Dr. Adhikari y dos estudiantes de posgrado

00:00:20.690 --> 00:00:21.830
muy capaces- Ph.D.

00:00:21.830 --> 00:00:22.980
estudiantes, el Sr.

00:00:22.980 --> 00:00:25.280
Jawad y el Sr.

00:00:25.280 --> 00:00:29.369
San, y un estudiante de pregrado, la Sra.
Namiq.

00:00:29.369 --> 00:00:37.220
Contamos con el apoyo de un proyecto NSF RAPID
que se encuentra en la sección de Teoría

00:00:37.220 --> 00:00:44.530
de Materia y Materiales Condensados de la
NSF.

00:00:44.530 --> 00:00:49.340
Puesto que somos científicos computacionales,
tenemos que confiar una cantidad enorme en

00:00:49.340 --> 00:00:50.450
recursos computacionales.

00:00:50.450 --> 00:00:57.149
Esto fue proporcionado por el Departamento
de Centro de Supercomputadora de Energía

00:00:57.149 --> 00:01:00.960
y se llama el NERSC.

00:01:00.960 --> 00:01:02.800
Quería empezar la siguiente diapositiva.

00:01:02.800 --> 00:01:10.000
Diré algo sobre los antecedentes y por qué
queremos estudiar la proteína de pico, porque

00:01:10.000 --> 00:01:14.090
esta proteína se une al receptor de la célula
huésped.

00:01:14.090 --> 00:01:17.969
La mayoría de la gente sabe lo que está
pasando allí.

00:01:17.969 --> 00:01:20.209
Juega un papel crítico en la infección.

00:01:20.209 --> 00:01:24.990
La estructura y las propiedades de esta unión
interna no se entienden completamente.

00:01:24.990 --> 00:01:30.090
Así que tenemos que usar las instalaciones
de supercomputadoras de clase mundial para

00:01:30.090 --> 00:01:37.520
hacer un cálculo inicial basado en la teoría
funcional de la densidad para este gran sistema

00:01:37.520 --> 00:01:38.520
molecular.

00:01:38.520 --> 00:01:44.240
Este tipo de cálculo tiene muchas capas porque
consume muchos recursos y es muy desafiante.

00:01:44.240 --> 00:01:51.310
Nuestro objetivo es tener un entendimiento
fundamental basado en métodos de mecánica

00:01:51.310 --> 00:01:56.669
cuántica y la red de aminoácidos ínter-atómicos
e intra-atómicos, incluyendo el enlace de

00:01:56.669 --> 00:01:57.669
hidrógeno.

00:01:57.669 --> 00:02:02.939
También, por supuesto, el enfoque principal
es entrenar a la próxima generación de científicos

00:02:02.939 --> 00:02:12.980
en esta área tan importante de la ciencia
de los materiales, porque me formé como investigador

00:02:12.980 --> 00:02:17.210
de materiales y trabajo en metafísica condensada
en química y biofísica.

00:02:17.210 --> 00:02:20.200
Los biomateriales son muy importantes.

00:02:20.200 --> 00:02:24.990
Quiero informar primero algunos de los últimos
logros.

00:02:24.990 --> 00:02:26.881
Tenemos la optimización estructural de siete
dominios de estructura básica en la proteína

00:02:26.881 --> 00:02:29.920
de la espiga, que está aquí.

00:02:29.920 --> 00:02:31.870
Estas son las tres cadenas.

00:02:31.870 --> 00:02:39.950
La cadena A tiene siete dominios diferentes,
y cada uno de ellos consta de varios miles

00:02:39.950 --> 00:02:40.950
de átomos.

00:02:40.950 --> 00:02:50.680
Tenemos que hacer el cálculo de todos estos
siete dominios juntos e investigar su enlace

00:02:50.680 --> 00:02:55.280
covalente e hidrógeno y las distribuciones
de carga parcial.

00:02:55.280 --> 00:02:59.910
También desarrollamos un parámetro clave
llamado pares de enlaces de aminoácidos,

00:02:59.910 --> 00:03:03.270
que nos permitiría hacer interacciones de
aminoácidos tridimensionales.

00:03:03.270 --> 00:03:06.150
Hasta ahora, hemos publicado tres artículos.

00:03:06.150 --> 00:03:11.770
Si alguno de ustedes está interesado, por
favor envíenme un correo electrónico.

00:03:11.770 --> 00:03:18.830
Actualmente, el proyecto en curso que hicimos
es el modelado de interfaces, en el que combinamos

00:03:18.830 --> 00:03:25.850
la dinámica molecular del cálculo de DFT,
y esto es aún más difícil.

00:03:25.850 --> 00:03:30.410
También tratamos de calcular la rigidez de
cada uno de sus dominios spike.

00:03:30.410 --> 00:03:37.990
La rigidez es muy importante en cualquier
sistema biológico cuando están bajo cambio

00:03:37.990 --> 00:03:42.660
de temperatura o estrés.

00:03:42.660 --> 00:03:48.760
También estamos trabajando actualmente en
el modelado de mutaciones, que es el D614G.

00:03:48.760 --> 00:03:56.060
Si A está en las noticias, esas son las variantes
de diferentes coronavirus, y está en las

00:03:56.060 --> 00:03:59.810
noticias casi todos los días.

00:03:59.810 --> 00:04:05.882
También queremos mejorar los métodos computacionales
y los códigos utilizados para la generación

00:04:05.882 --> 00:04:06.890
de datos de gran tamaño.

00:04:06.890 --> 00:04:19.409
Esta es una figura sobre el modelo de mutación
con moléculas de agua incluidas, y este es

00:04:19.409 --> 00:04:21.620
el resultado preliminar sobre la rigidez.

00:04:21.620 --> 00:04:24.039
Actualmente tenemos tres manuscritos en preparación.

00:04:24.039 --> 00:04:30.470
El trabajo nos lleva al menos dos o tres meses.

00:04:30.470 --> 00:04:41.250
Esto se reduce a una de las últimas diapositivas.

00:04:41.250 --> 00:04:57.330
Nuestro proyecto finalizará el 31 de mayo,
que es solo un proyecto de un año para el

00:04:57.330 --> 00:04:58.330
NSF RAPID.

00:04:58.330 --> 00:05:05.610
Antes de terminar el proyecto, ampliaremos
nuestro modelado computacional al diseño

00:05:05.610 --> 00:05:18.160
de medicamentos de algunos modelos seleccionados
mediante la adición de péptidos muy cortos.

00:05:18.160 --> 00:05:40.620
Este es un ejemplo de dos modelos que empezaríamos
a 

00:05:40.620 --> 00:05:41.620
modelar.

00:05:41.620 --> 00:05:46.139
Se llama LCB1 y LCB3.

00:05:46.139 --> 00:06:13.479
Estos son los dos péptidos más cortos que
se insertan en la interfaz.

00:06:13.479 --> 00:06:22.169
También trabajamos en el modelado de mutaciones
extensivas y en el análisis de los siguientes

00:06:22.169 --> 00:06:23.169
casos.

00:06:23.169 --> 00:06:30.780
Además del que estamos trabajando actualmente,
hay muchas variantes nuevas, según el informe

00:06:30.780 --> 00:06:32.180
B.1.1.7 de COG-UK.

00:06:32.180 --> 00:06:36.659
Estos son los cuatro ejemplos, y hay muchos
más.

00:06:36.659 --> 00:06:41.910
El objetivo más largo es extender el modelado
computacional para cubrir sistemas biomoleculares

00:06:41.910 --> 00:06:42.910
mucho más grandes.

00:06:42.910 --> 00:06:49.891
A pesar de que estamos haciendo nuestro cálculo
inicial, y en este momento es uno de los cálculos

00:06:49.891 --> 00:06:55.919
más grandes que se pueden imaginar, somos
más ambiciosos.

00:06:55.919 --> 00:07:01.639
Queremos ampliarlo a sistemas aún más grandes.

00:07:01.639 --> 00:07:05.800
Por otra parte, somos muy ambiciosos.

00:07:05.800 --> 00:07:13.319
Queremos abogar por el uso de modelos computacionales
a gran escala para sistemas biomoleculares

00:07:13.319 --> 00:07:17.199
que puedan competir o incluso complementar
las técnicas experimentales en precisión

00:07:17.199 --> 00:07:19.189
y a un costo mucho menor.

00:07:19.189 --> 00:07:20.509
Muchas gracias a todos.

00:07:20.509 --> 00:07:22.439
Ese es el final de mi presentación.